১৯৫২ সালের ২৩ ডিসেম্বর ফয়জুর রহমান আহমদ ও মা আয়েশা আক্তার খাতুনের কোল জুড়ে তিনি জন্মগ্রহণ করেন।
বাবার পুলিশের চাকরির সুবাদে তার ছোটবেলা কেটেছে বাংলাদেশের বিভিন্ন জায়গায়। ছোটবেলায় তার ডাকনাম ছিল বাবুল। পিতা লেখালেখির চর্চা করতেন এবং পরিবারের এই সাহিত্যমনস্ক আবহাওয়ায় জাফর ইকবাল খুব অল্প বয়স থেকেই লিখতে শুরু করেন। মাত্র সাত বছর বয়সে লেখেন তার প্রথম বিজ্ঞান কল্পকাহিনী।
১৯৬৮ সালে বগুড়া জিলা স্কুল থেকে এসএসসি এবং ১৯৭০ সালে ঢাকা কলেজ থেকে এইচএসসি পাশ করেন।
১৯৭২ সালে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের পদার্থ বিজ্ঞানে ভর্তি হন। ১৯৭৬ সালে যুক্তরাষ্ট্রের ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়ে পড়তে যান তিনি। পিএইচডি অর্জনের পর বিখ্যাত ক্যালটেক থেকে তার ডক্টরেট উত্তর গবেষণা সম্পন্ন করেন।
১৯৯৪ সালে তিনি আমেরিকা ছেড়ে দেশে ফিরে আসেন। একই বছর সিএসই বিভাগের প্রধান হিসেবে যোগ দেন শাহজালাল বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ে।
তার লেখা কিশোর উপন্যাস হাত কাটা রবিন, দীপু নাম্বার টু, দুষ্টু ছেলের দল, আমার বন্ধু রাশেদ, স্কুলের নাম পথচারী বেশ জনপ্রিয় হয়।
তার কর্মযজ্ঞ যেমন তাকে ব্যাপক খ্যাতি এনে দিয়েছে তেমনি অর্জনের ঝুলিতে ঢুকেছে
অনেক পুরস্কারও।
২০০৩ সালে শেলটেক সাহিত্য পদক, ২০০৪ সালে ইউরো শিশুসাহিত্য পদক, বাংলা একাডেমী পুরস্কার পান। এছাড়া ২০০৫ সালে শ্রেষ্ঠ নাট্যকার হিসেবে মেরিল-প্রথম আলো পুরস্কারও পান তিনি।