ধারণা করা হয় ১৫ শ শতাব্দীতে এটি খান-ই জাহান নির্মাণ করেন।
এই মসজিদটির নাম ষাট গম্বুজ হলেও এখানে গম্বুজ রয়েছে ৮১টি। ৮১টি গম্বুজ বিশিষ্ট এই মসজিদটি নির্মাণ হয় ৬০টি গম্বুজ বা পিলারের উপর।
ষাট গম্বুজ মসজিদের পশ্চিম পাশে রয়েছে ঐত্যিহ্যবাহী দীঘি যা ঘোড়াদীঘি নামে পরিচিত।
এ ছাড়া ষাট গম্বুজ মসজিদের সামনে রয়েছে প্রাচীন নির্দশনে পূর্ণ বাগেরহাটের একমাত্র যাদুঘর।
১৯৮৫ সালে ইউনেস্কো ষাট গম্বুজ মসজিদকে বিশ্ব ঐতিহ্যের তালিকায় অন্তর্ভুক্ত করে।
প্রতিদিন এই মসজিদ দেখতে বহু মানুষ আসে। বিভিন্ন জেলা ছাড়াও বিদেশিরাও আসে ষাট গম্বুজ মসজিদ দেখতে। প্রায়ই বিদেশি পর্যটকদেরও দেখা যায় এখানে।
বিশ্ব ঐতিহ্যবাহী ষাট গম্বুজ মসজিদ দেখতেই তারা এখানে আসেন।